従前のNISAの制度では現在保有する株式等を売却し、新たな株式等を購入(スイッチング)した場合には非課税となる投資上限額を消費することになり、非課税限度枠の再利用はできない仕組みとなっていた。
一方今回の改正で、投資控えを防ぎ、個人のライフスタイルに合わせ株式投資ができるよう、株式等を売却した場合であっても、その分の非課税投資枠が復活するよう制度が見直されることとなった。この点非課税限度枠の復活のタイミングが「いつ」になるのか。新制度では、非課税限度枠の復活は翌年になるとしている。例えば年間の上限額である360万円分の投資をした年については、その年内に株式を売却しても非課税限度枠は復活せず、復活は翌年以降ということになる。
ただし、株式の譲渡益が生じた銘柄を早期に売却し、再投資を行うことになれば短期売買を誘発することになり、株式を長期で保有し資産形成を行うというNISA制度の目的から外れるとの指摘もある。このため、金融庁では、金融機関による回転売買の勧誘を規制するため、監督指針を改正してモニタリングを強化するなどの対応を講じるとしている。